Im Inneren eines jeden Zahnes befindet sich das Zahnmark mit Blut-, Lymphgefäßen und Nerven, die sogenannte Pulpa. Sie ist eine verkleinerte Form des Zahnes selbst. Das Zahnmark gliedert sich in ein hochkomplex aufgebautes und weit verzweigtes Kanalsystem. Durch eine tiefe Karies, ein Trauma oder funktionelle Überbelastung kann sich der Nerv eines Zahnes entzünden.
Im Rahmen dieser Entzündung können die Blutgefäße anschwellen und üben Druck auf die umliegenden Nerven aus, was zu den für eine Entzündung typischen pochenden Zahnschmerzen führen kann. Diese Entzündung kann auch in einen chronischen Zustand übergehen. Dieser Zustand wird meist kaum wahrgenommen, jedoch kommt es zunehmend zu einem Knochenabbau um die Zahnwurzel herum. Bakterielle Erreger und körpereigene Abwehrzellen sind bei einem derartigen Zustand im Gleichgewicht. Ist das Immunsystem jedoch eingeschränkt kann es zum Aufflammen einer solchen Entzündung mit den typischen Zahnschmerzen kommen.
Aufgrund des hochkomplexen Aufbaus des Wurzelkanalsystems finden Bakterien dort viele Nischen, wo sie vor herkömmlichen zahnärztlichen Behandlungsmethoden geschützt sind und die Entzündung der Zahnwurzel aufrechterhalten können.